부품교체 이전에 셋팅이 잘못된 것은 아닌지 확인해 보세요.
브레이킹시 손에 부담이 가는 자세나 습관은 없는지를 먼저 살펴 보시는 것이 순서 일것 같습니다. 제경우 세컨드(동네 자전거)를 타더라도 질문하신 분과 같은 증상은 없기에 ^^
생각나는대로 적어보면 아래와 같습니다.

1. 레버나 변속기의 각도가 너무 수평이거나 아래로 떨어져 손목이 꺾이는 경우,
핸들바에서 레버의 좌우 간격이 너무 좁거나 넓어 팔에 무리가 가는 경우
2. 브레이크를 잡는 손가락과 레버의 간격이 너무 멀리떨어진경우 유격 조정
3. 브레이크암의 장력스프링이 강할 경우 적당히 부드럽게 풀어줌
4. 아우터케이블과 이너케이블의 상태 점검
- 이물질 및 녹 제거후 그리스 도포
- 케이블 길이가 너무 길경우 적당하게 잘라서 조립
- 케이블 노후로 브레이킹시 케이블자체의 길이가 변화되어 힘을주면 줄수록
레버가 끊어지는 느낌이 없고 찐덕(?)거리지는 않는지 확인(아우터 케이블 교체후
브레이크 부스터를 달아주면 환상 ^^;)

셋팅 문제는 아닌 것 같습니다. 탈때마다 브렉 셋팅 한번씩 봐주는 편이거든요.
브렉 셋팅 관련해서는 마니님 홈피에서 보고 셋팅을 했구요.
안그래도 부스터는 달아주려고 합니다.
근데 브렉 레버 각도가 옆에서 봤을때 핸들 끝부분 기준으로 아래로 45도 정도거든요.
그러니까 핸들 끝과 브렉 레버 끝부분이 그정도 각도를 이루는데 너무 쳐진 정도일까요?
(상세한 답변 진심으로 감사드립니다. 덕분에 많이 배웠습니다.
감사드리고, 행복하세요~~@@)

그정도면 정상적이라고 봐도... ^^;
손이 아픈것은 장비문제는 아니라고 보지만 바꾸시면
우연히 해결될 수도...(다른부품 교체조립시 셋팅이 틀려지므로)
그리고 브레이크 성능면에서 제 경우는 XTR이나 동네잔차나 거의 동일합니다. ㅡ ㅡa
두 잔차 모두 서야할때 정확하게 뚝뚝 부러지듯이 서줍니다. 자랑~
그리고 바꾸시고 싶으실 때는 바꿔야 합니다만 그래도 쓸만큼 더 쓰시고 고민도 더 해보시고
나서 바꿔보심이... 고민을 많이 할수록 돈도 절약되고 정비 실력도 늡니다. ^^

atx950 님 말씀대로 우선 부스터만 구매했구요.
케이블을 제외한 부분만 셋팅했었는데, 케이블 컷터 구매해서 내일 케이블 정리를
하려고 합니다.(케이블이 좀 긴 감이 있네요...)
atx950 님 다시 한번 감사드리구요. 행복하세요~~@@