셋팅상의 문제일듯 하구요 그렇게 걸어도 체인이 두칸 정도 남으면 정상입니다. 하지만 일반적으로 쓰지 않는 단수라서 ....

그런 무리있는 단수로의 변속이 아예 안된다는 겁니까? 아니면 잘 안된다는 겁니까?
앞 3 뒤 1로 놓고.. 크랭크쪽에서 스프라켓쪽을 바라보시면서 체인라인보세요.. 정말로 긴장감이 느껴집니다. ^^;
일반적으로 샵에서도 그런 단수는 권하지 않고, 그런 시도도 왠만하면 하지 말라고 합니다.
체인이 비틀어질 수 있으며..업힐에서 과도한 힘을 주게되면 스프라켓도 문제가 생길수 있고, 뒷 딜레일러 케이지가 바깥방향으로 힘을 받아서 안 좋다고 하네요.

체인라인이 거의 일직선인 상태의 단수를 기준으로 변속습관들이세요.

일단.. 세팅상의 문제일것 같습니다. 체인을 특별히 끊어내서 마디를 없애지 않았다면 체인문제는 아닐거 같네요.