저도 얼마 전에 무릎이 아파서 3주 가량 자전거를 끊은 적이 있었습니다. 물론 병원도 갔었구요.
제 경험에 무릎이 아픈 경우는 크게 두 가지더군요.
하나는 안장의 높이가 맞지 않을 경우, 다른 하나는 무릎에 힘을 무리하게 주었을 경우.
첫번째의 경우는 아시겠지만 다시 한 번 말씀드리면 안장과 페달의 가장 먼 거리에서 무릎이 아주 약간 구부러지게 타는 것이 좋습니다. 애매할 수도 있지만 타시면서 조금씩 조절해 보면 적당한 길이를 아실 수 있을 겁니다. 몇 밀리미터의 변화에도 무릎이나 페달질에 차이가 있더군요.
두번째의 경우는 무릎에 과도한 힘이 걸렸을 때 아프기도 한데 무릎을 펴고 구부리는데 작용하는 인대나 연골에 문제가 생길 수 있습니다. 저의 경우는 장경인대라는 곳에 문제가 좀 있었는데 쉬면서 찜질 좀 해 주면 나아지는 듯 합니다. 연골이 문제가 생겼을 경우는 좀 심각한 것 같더군요. 방치하면 점점 심해져서 펑크패치로 막을 꺼 휠셋 교체로도 안 된다더군요.(적절한 비유일까나?)
자전거를 타시기 전에 준비운동으로 몸을 풀어 주시고 (특히 무릎) 타고 나서 20-30분 동안 저단으로 무릎에 무리가 가지 않도록 하신 다음 서서히 고단으로 기어를 바꾸시면 좀 낫지 않을까 싶습니다. 저는 무릎이 아프고 난 다음부터는 꼭 이렇게 합니다. 효과가 있더군요.
그리고 조금이라도 미심쩍으면 병원에 가 보세요. 엑스레이 찍고 진찰 받고 물리치료 한 번 하는데 7,100원 들었습니다.

저역시 장경인대 문제로 고생하고 있습니다. 저의 경우 잘못된 페달링 습관이 원인이었지요.
천성적인 장애를 가진 경우가 아니라면 무릎 통증 해결은 라이딩 습관과 장시간 무리에 의해 발생한다고 생각합니다.

아래 링크를 참조하세요.
http://www.wildbike.co.kr/cgi-bin/zboard.php?id=Freeboard6&page=1&sn1=&divpage=2&sn=off&ss=on&sc=off&keyword=무릎&select_arrange=headnum&desc=asc&no=7834

아픈 무릅의 위치가 정확히 어디 인지요?
대부분 안장이나 클릿의 위치에 따라 통증이 유발되는거 같더군요
저도 분원리 한바뀌 못돌았습니다
지금은...

저는 안장높이가 높게 해서 아픈적있습니다