무릎에 지병이 없는 조건이시라면..
1.안장의 높낮이 조절
2.클릿의 유격및 방향 조절
등을 조정하시면 무릎통증을 해결하실수도 있습니다. 또한 통증 부위에 따라서
1.무릎의 앞쪽이 아플경우---안장이 낮습니다. 안장을 조금 올리셔야 합니다.
2.무릎의 뒷쪽(오금)이 아플경우 --안장이 높습니다. 안장을 조금 내리셔야 합니다.
3. 무릎의 좌우가 아플경우--제일 복잡한 부분입니다.
이런경우는 경첩운동만을 하도록 되어있는 무릎관절이 회전운동이 발생하여 통증을 유발하는경우와, 장경인대의 마찰에 의한 통증이 있을수 있습니다.
전자의 경우 클릿의 방향을 조금씩 변경하시면서 조정을 해보시면 되구요.. 후자의 경우 안장의 높이를 잘 조정하시면 효과를 보실수 있습니다. 가능하면 근처 전문샾에 가셔셔 상의해보시는것도 좋으실듯 합니다.

SILICONX님의 의견에 더해서..
하드웨어적인 세팅에도 불구하고 해결이 안되신다면...
페달링시에 좌우 무릎이 동일하지 않게 수직운동을 하고 있거나..
왼쪽다리(또는 신체의 다른부분)의 문제로 오른쪽 다리가 힘을 더 쓰고 있을수도 있습니다.
그리고 말씀처럼 '몇주 쉬었다가' 타시는 경우 통증이 있고 이후 괜찮으시다면
라이딩전 충분한 몸풀기를 해주시고 워밍업을 거쳐 속도를 올리는 라이딩을 하시기 바랍니다.

저도 그런증상이 있습니다. 라이딩 초기엔 괺찮다가도 어느 일정거리 이상 라이딩을 하면 무릅 바깥쪽인데에 통증이 생김니다. 맨 위에 분 말씀처럼 장경인데 증후근일 가능성이 있는겉같은데... 그건 장경인데와 무릅뼈와에 마찰에 의해서 생기는거구여. 저도 그래서 정형외과에서 치료를 받았으나 아직은 통증이 좀 남아있습니다. 그런 증상이 오래 됬다면 단지 쉰다고 낳지 않습니다. 수술을 해야하는데 무릅 바깥쪽을 절개해서 인대를 깍아내던지 요즘은 외부충격파로 시술하더군여 저도 역시 이걸로 시술했구여. 상태에 따라서 3~5회저어도 시술하는데 보통시술비는 1회에 10만원 정도합니다. 원인은 스트레칭부족이던지 너무 무리를해서 그러다고하더군여. 부디 완쾌하시고여... 도움이 되었스면합니다.