피팅, 발의 각도, 패달링 습관, 무릎 관절 문제 등등 원인은 많은것 같습니다.
일반 엑스레이가 아닌 스포츠 전문 정형외과 같은 곳에서 진찰 받아보시는 게
좋다고 봅니다.

10시간 라이딩해서 통증이 없으면 그게 더 이상한 거 아닌가요?

아마 페달 인터페이스와 시트 피팅을 정확히 하면 좀 나아지긴 할겁니다.

페달링을 할때 평지든 업힐이든 체력안배가 잘 되면 무릎 아프지 않습니다.
즉 별로 힘을 쓰지않고도 고단기어를 사용할수 있다면 기어비를 좀 낮춰주는게 좋습니다.
이정도 힘으로 올라가거나 달리기 적당할때 과감히 한단이상 낮춰주면 좋다는 말입니다.
표현이 좀 어렵게 되었는데 10미터를 달린다고 볼때 참을수 있는 단계로 페달링을 10회 한다면 참을수 있는 단계보다 더낮은기어로 페달링하여 13회를 한다는 겁니다.
평소 페달링 rpm 보다 좀더 높여라는 말이죠.
써놓고 보니 말이 이상하게 되었네요 그러면 무릎에 무리가 거의 가지 않습니다

1. 자전거와의 피팅 점검
2. 페달링 속도 점검 (RPM 90이상이 되도록)
3. 페달링 자세 점검 (무릎이 벌어지거나 횡방향으로 힘을 주지 않는가 등)

무릎의 어느 부위가 어떻게 어픈가에 따라 처방이 달라집니다.
이곳에서 무릎으로 해서 검색을 해보면, 기존의 답변들이 도움이 될 겁니다.

저도 장시간 라이딩하면 무릎이 아파오곤 했었는데 클릿과 안장을 조절하니 통증은 사라지더라고요, 저같은 경우 무릅 양 옆의 인대 부분이었는데 페달링 할때 다리가 좌우로 흔들리는게 원인이었던것 같습니다. 페달링할때 무릎 중심이 페달 중심에서 벗어나지 않도록 해보세요.