아래 두분이 자상하게 답변해 주셨군요.
제 경험을 바탕으로 조금 덧붙이겠습니다.

우선 어떤 종류의 통증인지가 궁금합니다.
휴식할때 자전거에 내려서 허리를 뒤로 제끼면 뻐근하면서 통증이 좀 가시는 그런 종류의 증상인지,
일단 통증이 느껴지면 휴식을 해도 별로 나아지지 않고, 허리를 이리저리 움직이면 뼛소리가 나고, 뭔가 갑갑하면서 결리는 식의 통증인지,
아니면 다른 증상인지요.

뻐근하게 동통이 오는 경우는 대체적으로 근육통이 경우이고 아래 창민님이 말씀하신 대로 하시면 많이 완화될거라 생각됩니다.
두번째 증상과 비슷하다면 근육통을 포함해서 자세가 좋지 못하거나 주행습관에서 오는 통증일 가능성이 많은데요, 만약 그렇다면,

1. 안장의 높이를 점검해 보세요.
적정한 안장높이를 맞추는 법에 대해 와일드바이크에 많은 글이 있습니다. 확인해보시고 적정높이보다 조금 더 낮추어서도 실험해 보세요.

- 안장의 높이와 병행해서 니콜라스님이 말씀하신 조치도 시험해 보시고요. 아뭏든 이 조치는 주행 효율을 좀 감소하더라도 허리를 세움으로서 부담을 줄이는 겁니다.

2. 주행시 자주 쉬시고, 자세를 자주 바꾸어서 오랜시간 한곳에 집중적으로 부하가 걸리는 것을 피하세요.

3. 평지나 오르막에서의 급가속(용쓴다는 표현을 하죠^^)을 될수 있는한 자제하세요. 특히 좋지 않은자세에서 몇번 급격하게 RPM을 올리다보면 누구라도 허리가 아플겁니다. 꼭 필요한 경우라면 일어서서 페달링하시기를 권합니다.

결론적으로 충분한 워밍업과, 무리하지 않고 자주자주 쉬며 자세를 바꿔주는 주행습관, 그리고 허리를 세우는 쪽에 초점을 맞춘 자세교정이 이루어지면 지병이 있지 않은한 왠만큼은 통증을 줄이실 수 있을겁니다.

담에 같이 탈 기회가 생길때 좀더 자세히 이야기를 나눌 수 있으면 좋겠습니다. 저도 허리때문에 고생을 많이 하거든요.